Hintergrund
Sowohl die Landesämter als auch die Entwickler und Nutzer von organismischen Datenbankanwendungen sind in der Regel nicht direkt an taxonomischen Fragestellungen interessiert, sondern vielmehr Nutzer taxonomischer Klassifikationen. Sie sind damit beschäftigt, das Vorkommen oder Attribute von Taxa zu sammeln. Gleichzeitig möchten sie „alles richtig machen“, was im Bereich der Konzeptsynonymie oft dazu führt, das man einen unauflösbaren Mischmasch aus historischen und irgendwie angepassten Konzepten vorfindet, der nirgendwo dokumentiert ist. Ziel muss es sein, durch die Anbindung an einen zentralen Taxon-Broker eine flexible, dezentrale und dennoch konsistente Verwaltung von taxonomischen Sichten und ihnen zugeordneten Daten zu ermöglichen.
Use Case
Der Entwickler einer Erfassungssoftware für organismische Funddaten will die Verwaltung taxonomischer Konzepte abgeben und sucht nach einem Service für taxonomische Informationen, der ihm gewährleisten kann, das 1. er seinem Nutzer eine regionalisierte Referenzliste zur Verfügung stellen kann, 2. die einer von ihm festgelegten Klassifikation entspricht, 3. er bei einem Wechsel der Klassifikation (bzw. des Potential Taxon Trees) die Datenkonsistenz gewährleisten kann, 4. es einen Mechanismus gibt, um bei Nichtvorhandensein eines benötigten Taxons/Konzeptes vorläufige ID's vergeben werden können, die sich nach einer Fortschreibung der Referenzdatenbank automatisch aktualisieren. Der Besitzer einer biologischen Funddatenbank wechselt von einem Potential Taxon Tree zu einem anderen. Er hat nun GUID's aus der alten Klassifikation neben solchen aus der neuen Liste in seiner Datenbank. Es gibt nicht nur vollkommen neue Taxa, sondern auch nicht-kongruente Konzeptänderungen gegenüber der alten Sicht. Der Nutzer will nun Auswertungen machen: 1. Verbreitungskarten: Schwarm aller Angaben eines Taxons und der Taxa vom jeweiligen Taxon abwärts, mit allen kongruenten (Synonyme) und inkludierten Taxa. Ggf. Ausgabe von Bemerkungen über das Vorhandensein von Fundangaben überlappender Konzepte. Konkret: Der Nutzer hat Verbreitungsdaten von Grasnelken beruhend auf den Klassifikationen Rote Liste 1996 und Wisskirchen & Haeupler in seine Datenbank eingetragen und möchte nun Verbreitungskarten erstellen nach Buttler v4 (= Rote Liste 2013). 2. Rote Listen: Übernahme bisherigen Einschätzungen wo immer möglich. 3. Export (s. 1., eine Spalte Originalkonzept in der DB, eine mit derzeit akzeptierter Sicht) 4. ???
Anforderungen
1. Abfrage einer regionalisierten Artenliste durch die Erfassungssoftware beim CDM mit mindestens den Elemente: a) composite user key (Wiss. Name inkl. Namensautoren + Secundum), b) ggf. manuell gepflegten artengruppenspezifisch eindeutigen Codes, c) GUID's, d) taxonomischen Kommentaren Format: Prinzipiell als flache Tabelle möglich, für die Maschine zu Maschine Kommunikation besser XML (entweder DCA oder TCS) 2. Abfrage eines Taxons aufgrund des Taxon Namens => Liste verfügbarer Konzepte inkl. über Konzeptbeziehungen verknüpfter Taxa mit Auswahlmöglichkeit. Wenn kein passender Name oder kein passendes Konzept gefunden werden kann => Modellierung halbautomatische Ergänzungen 3. Abfrage von Taxa aufgrund der GUID => vorhandene Services 4. Abfrage des Konzeptschwarmes, d.h. kongruente Konzepte + inkludierte Konzepte + genestete Taxa z.B. für die Darstellung von Verbreitungskarten
Lösung(sansätze)
Ein konkretes Lösungsbeispiel ist in diesem PDF ausgeführt. Es zeigt den unten skizzierten Workflow an einem konkreten taxonomischen Beispiel. Die dazugehörigen Minireferenzlisten und der sogenannte Sweave-Code, um das PDF zu erstellen und gleichzeitig die erforderlichen Analysen, deren Ergebnisse im PDF dargestellt sind, befinden sich in diesem ZIP-Ordner.
Das Original mit der Möglichkeit zum Kommentieren befindet sich hier TaxonService
Abruf einer Taxonliste
Die Grundfunktionalität ist bereits durch Use Case 1 gegeben. Im Rahmen der Zusammenarbeit mit 34u werden wir die statischen Referenzlisten der Multibase Plattform ins CDM importieren. Sie sind dann per Webservices wieder abrufbar und die CDM-GUID's können in der Erfassungssoftware verwendet werden.
Prozedere zur Ergänzung von Taxa
1. Ergänzung zusätzlicher Taxa, formale Mindeststandards überprüfen 2. Überprüfung der Meldungen in der Zentrale: Überführung der Taxa in Hauptversion oder dokumentiertes Verwerfen 3. Erstellung und Plausibilitätscheck einer neuen Hauptversion
Prozedere beim Upgrade zu einer neuen Hauptversion
1. Herunterladen einer neuen Gesamttabelle 2. Ergänzen der fehlenden Taxa aus der alten Liste 3. Fehlende und nicht mehr passgenaue Artensteckbriefe angeben 4. Erstellen einer Schwarmtabelle zusammengehöriger Taxa (s. Anwendungsfälle), ob nötig?
Zeitplan
Abruf Taxonliste bis Juli 2013. Ergänzung von Taxa und Update von Versionen bis MItte 2014.